С господством пустынного и полупустынного климата связано слабое развитие поверхностного стока. Общий объём годового стока 350 км3 (меньше, чем на других материках). Слой стока на большей части А. около 50 мм в год, лишь на наветренных склонах Большого Водораздельного хребта 400 мм и более. 7% площади А. принадлежат бассейну Тихого океана, 33% площади - бассейну Индийского океана 60% территории материка занимают области внутреннего стока с редкими временными водотоками («криками»). Наиболее многочисленные и длинные крики принадлежат бассейну озера Эйр (Куперс-Крик, Дайамантина и др.). Сток в криках наблюдается лишь после эпизодических летних ливней. На карстовой равнине Налларбор поверхностный сток отсутствует. Большинство рек внешнего стока короткие, с невыработанным продольным профилем и неравномерным режимом стока, судоходно лишь в низовьях, имеет преимущественно дождевое питание. Паводки в соответствии с сезоном дождей у большинства рек летние, лишь в Южной А. - зимние, а на Ю.-В. - осенние. Наиболее полноводны и равномерны по стоку реки, начинающиеся в Большом Водораздельном хребте, самые непостоянные - реки западного побережья, стекающие с полупустынных прибрежных плато. Наиболее многоводная река А. - Муррей (Марри) с главным притоком Дарлинг - самой длинной рекой А. (длина 2740 км), но менее полноводной. Реки Восточной А. обладают большими запасами гидроэнергии, однако вода используется главным образом для орошения земель. Наиболее важные гидроэнергетические и ирригационные сооружения имеются на pp. Муррей, Маррамбиджи и Лакдан (Новый Южный Уэльс), Орд и Суон (Западная А.), Бердекин (Квинсленд). Крупное гидротехническое строительство ведётся в Снежных горах для переброски вод Сноуи-Ривер в систему Муррея, что позволит оросить большие массивы земель в главных сельскохозяйственных районах А.
На территории А. много древних озёрных котловин, заполняющихся водой лишь после эпизодических дождей. Большую часть года они покрыты глинисто-солончаковой коркой. Наиболее крупные озёра А. - Эйр, Торренс, Амадиес, Гэрднер. Большие скопления мелких озёр (до 400) на Ю.-З. А. - равнина Солёных озёр.
Особенность А. - её богатство подземными водами, скапливающимися на глубинах 1,5-2 км. Более 15 артезианских бассейнов занимают синеклизы фундамента. Большой Артезианский бассейн в Центральной низменности- самый крупный в мире (пл. 1736 тыс. км2). Подземные воды - важный источник водоснабжения засушливых районов, но ввиду сильной минерализации пригодны главным образом для нужд промышленности и транспорта и для обводнения пастбищ.

См. Карта речного стока Австралии

Кораллы Большого Барьерного рифа

Река Муррей